Diagnose Corpo majoritariamente amarelo, com segmentos abdominais VIII–X mais escuros; antenômeros I–II amarelos, III–IV amarelos com metade apical castanho-clara, V castanho com base mais clara, VI–IX castanhos; asas anteriores claras. Cabeça cerca de 1,3 vezes mais larga que longa, sem cerdas longas; região ocelar com três pares de cerdas minúsculas, par III nas margens laterais do triângulo ocelar. Antena com 9 segmentos; segmento III mais longo que o IV, ambos com uma longa e contínua banda sensorial entendendo-se lateralmente até a metade do segmento. Pronoto com fraca esculturação e sem cerdas longas. Mesonoto estriado. Asas anteriores com duas fileiras completas de cerdas. Tergitos abdominais I–VIII com pente de microtríquias independentes na margem posterior, ausente ou incompleto na região mediana dos tergitos I–V, completo nos tergitos VI–VIII; terços laterais dos tergitos com linhas densas de microtríquias finas. Esternitos II–VI com 6 pares de cerdas posteromarginais posicionadas à frente da margem posterior, VII com 4 pares à frente da margem posterior e 1 na área discal; terços laterais dos esternitos com linhas de finas microtríquias.
Macho menor que a fêmea, esternitos IV–VIII com uma placa porosa oval na região anteromediana.
Variação intraespecífica Alguns espécimes apresentam coloração castanha nos dois terços anteriores da cabeça e/ou manchas circulares castanhas nos tergitos abdominais III–VI.
Informações do gênero e espécies similares O gênero Lenkothrips compreende oito espécies florívoras e descritas da América do Sul. Esses tripes possuem morfologia similar às espécies de Heterothrips, porém a área sensorial porosa dos antenômeros III–IV se estende lateralmente até a base dos segmentos. Lenkothrips pantanal é a única espécie do gênero com corpo majoritariamente amarelo. Uma chave atualizada para as espécies de Lenkothrips é fornecida em Lima et al. (2024).